自上世紀80年代以來，致力於古城鎮保護，在首批「全國十大歷史文化名鎮」中就有周莊、烏鎮、西塘等5鎮的保護規畫出自阮儀三之手。
可一窺唐代建築風格
在他看來：「收藏，不論是器物或是古蹟，為的都是傳承文化。」然而他也感嘆，城市遺產的保存較之文物收藏確實更為艱難。中國的建築與城市風格，在民居的表現上最具特色，因地域之分又有北京的四合院、福建土樓、雲南傣族的竹樓、安徽的「四水歸堂」等各形各色建築，與歐洲形成完全不同的體系。
阮儀三指出，一個保存良好的古城鎮甚至能上看明清乃至唐代的建築風格，因此自80年代開始就有計畫地以平遙為代表開始古城保護，採取的作品是新舊分區，讓老城盡可能保存原有的生活、商業形態，阮儀三也慶幸：「文革期間雖然破壞了佛像、典籍、文物，但還好沒有拆房子。」因此讓後人得以一窺古代木構技藝抵禦地震的智慧，中國人6000年前就會運用鉚榫技藝，最具代表性的「應縣大塔」，歷8次7級以上地震都能完好無缺。
上海提籃橋護猶太人
上海提籃橋猶太人避難地的保護，則曾讓世界銀行總顧問布魯門薩在90多歲高齡回該地參觀時淚流滿面，當下告訴自己的女兒，世世代代要記得當年因上海人的接濟，才讓上百名猶太人在此得以保全，這樣具有歷史意義的地方，也是城市必要保存的古蹟。然而阮儀三也指出，還有太多的歷史城市和收藏界一樣有著假古董的問題，只重經濟效益不重真正的精神，但他相信，這樣的情況會隨著保古意識興起而得到改善。